La storia di Neon Genesis Evangelion ha inizio nel 2000 d.C.
In quell'anno un immenso oggetto, che verrà ufficialmente spacciato per un'asteroide, cadde in Antartide.
E' l'arrivo di Adam: il primo "Angelo" ("Shito" in giapponese, che possiamo anche tradurre come Apostolo, Messaggero) : l'oggetto schiantatosi in Antartide, infatti, altro non era che un gigantesco organismo vivente, monito per l'intera razza umana.
Gli esperimenti che vennero effettuati su di esso portarono al "Second Impact" il continente di ghiaccio fu ridotto in mille pezzi (questi eventi sono mostrati in modo approfondito solo nel dodicesimo

episodio), il calore provocato allora dall'esplosione fu così immenso che il ghiaccio dell'intero continente si sciolse provocando un'inondazione e una distruzione di proporzioni bibliche sull'intera superficie del pianeta.
Ma non era certo finita qui ...

Ci spostiamo quindi nel 2015: da quindici anni la razza umana si sta preparando al ritorno degli Angeli: non conosciamo l'entità dei crimini dell'umanità, nè dove essa abbia sbagliato e quale fu il fatale errore ... fatto sta che ora, come promesso, gli Angeli sono tornati ... ma questa volta l'uomo non è impreparato : durante gli anni, un organizzazione internazionale chiamata NERV (dal tedesco, vuol dire "nervo") era stata fondata a protezione della Terra con l'incarico di trovare un'arma capace di ostacolare il celeste invasore. Di tutti i sistemi offensivi studiati quello che più sembrava avvicinarsi definitivamente allo scopo, il più efficace e potente era lo Human Shaped Final Battle Weapon, nome in codice EVANGELION (EVA) : un gigantesco biomeccanismo antropomorfo risultato dall'esame tecnologico di laboratorio di quello stesso angelo caduto (ADAM), catturato quindici anni prima.
Quando la serie TV ha inizio, ci sono solo tre Evangelion pronti : EVA-00, EVA-01 e EVA-02. Ognuna di queste mostruose creature (non sono dei reali robot, ma vere e proprie entità viventi) è alimentata elettricamente attraverso un potente cavo inserito nel dorso e necessita di una particolare sincronizzazione neurale con il pilota perchè questi possa sfruttare appieno l'incredibile potenza dell'unità EVA.
I piloti sono ragazzi selezionati con caratteristiche molto rare e per trovarli, Gendo Ikari, il brusco comandante della NERV e il promotore del misterioso "Human Complementation Project" istituito nel 2001 d.C., si serve di un programma cifrato chiamato "Marduk" (nome della principale divinità babilonese).
Fino all'anno 2015 il programma ha individuato solo tre piloti, tutti di quattordici anni:
- Rei Ayanami (EVA-00)
- Asuka Soryu Langley (EVA-02)
- Shinji Ikari (EVA-01) l'unico figlio di Gendo
.. La missione comincia ...
Colui che si avvicina per la prima volta a NEON GENESIS EVANGELION non potrà fare a meno di notare quanto esso sia pieno, per non dire stracolmo, di misteri, che in qualità di spettatore si potrà solo cercare di custodire e via via interpretare (... o indovinare!?!) per giungere così alla soluzione, se mai riuscirà a trovarla. Fin dall'inizio ci sono alcuni punti nodali su cui riflettere:come spiegare la perfetta sincronizzazione del ragazzo con l'EVA-01 e l'istintivo atteggiamento protettivo della macchina fin dal primo episodio?
Per quale motivo Rey assume un comportamento fuori dal mondo?
Un'altra questione riguarda l'esatta natura dell' "Human Complementation Project" : al riguardo viene solo accennato vagamente che deriva dal solo organismo che provocò il cataclisma del 2000 e i conseguenti successivi eventi visibili col proseguire della serie.